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Matamoros nace en el seno de una familia criolla radicada en la ciudad de México, el 14 de agosto de 1770, aunque su infancia transcurre en Ixtacuixtla Tlaxcala, al terminar en esta última sus estudios elementales, regresa a la capital de la Nueva España donde se gradúa como bachiller en artes en 1786 y tres años después como bachiller en teología. Su ordenación como sacerdote ocurre en 1796, asignándosele primero, al Sagrario Metropolitano de Querétaro y tres años después como vicario de la parroquia de la Asunción de Pachuca.
Matamoros reconoció en una carta enviada su tío Francisco de Salazar el 18 de mayo de 1812, que su inconformidad en contra de las condiciones que prevalecían en la Nueva España, surgió al conocer de cerca en Pachuca “como estos probes homnes (sic), ponían en peligro su vida, sin mas aliciente que la encomienda de todo a nuestra amantísima Señora, cobijo, de humildes e probes trabajadores, que bajan por los hoyos que hacen en la tierra que aquí llaman galerones y socavaderos”.
Don Carlos María Bustamante, quien conoció de cerca a Matamoros, lo describe así en su “Cuadro Histórico, de la Revolución de la Independencia Mexicana” “Era un hombre delgado, de pequeña estatura, color blanco amarillento, ligeramente picado de viruelas, pelo y barba rubios, ojos garzos (azules)…… inclinaba la cabeza sobre el hombro izquierdo y su voz gruesa y hueca. Tenía muy arraigado el vicio de fumar”. Su firma de trazos firmes aunque adornados, permite entrever a un hombre inteligente y cuidadoso de las formas, pulcro tanto en el pensar como en el hacer, pues no obstante el cumulo de trabajo, se daba tiempo de redactar con letra clara cada una de las actas sobre los sacramentos que administraba.
Firma de Mariano matamoros en el libro de bautizos del Archivo de la Parroquia de la Asunción de Pachuca

Finalmente después de la derrota del 23 de diciembre de 1813 y del intento fallido de tomar Valladolid, es aprehendido por el realista Eusebio Rodríguez, y llevado preso a la cárcel de la Inquisición en Valladolid de donde salió para ser ejecutado en el Portal del Ecce Homo (hoy Portal de Matamoros) de la hoy ciudad de Morelia, el 3 de febrero de 1814.
De la presencia del prócer en Pachuca, además de los asientos existentes en los libros de la parroquia, existe en el atrio, a un lado de la puerta principal, un pequeño monolito que recuerda su presencia en esta ciudad, aunque son pocos los que han reparado en este pequeño monumento.
Mariano Matamoros siguió estudios de bachiller en artes y
teología y se ordenó presbítero en 1796. Ejerció como párroco en la capital
virreinal y en Jantetelco (actual estado de Morelos); fue en esta ciudad donde,
en 1811, se dictó contra él orden de búsqueda y captura como sospechoso de
promover la causa independentista.
Mariano Matamoros Tras lograr huir, en diciembre de 1811 se
unió en Izúcar (actualmente Izúcar de Matamoros, en Puebla) a las tropas
insurgentes lideradas por José María Morelos. El propio Morelos lo nombró
coronel un mes después. Al mando de sus tropas, Matamoros conquistó en febrero
de 1812 la ciudad de Cuautla y la defendió del cerco realista.
En noviembre de 1812, ya como lugarteniente de Morelos, se
distinguió en la toma de Oaxaca y, en junio de 1813 Morelos lo ascendió a
general. Matamoros derrotó en Tonalá y en San Agustín del Palmar a las tropas
realistas. El 23 de diciembre de 1813 atacó la ciudad de Valladolid (actual
Morelia), pero se vio obligado a retirar a sus hombres.
Perseguido por los soldados de Ciriaco de Llano y Agustín de
Iturbide (que era por entonces militar realista), fue capturado en Puruarán
(Michoacán) el 5 de enero de 1814 y fusilado en Valladolid un mes después, a
pesar de la oferta de Morelos de intercambiarlo por doscientos prisioneros
realistas.